از محرم سال 1362 در منطقه یوسف آباد تهران (شمال خیابان سید جمال الدین) با همت و تلاش مرحوم زنده یاد آقای مسعود فراهانی پارسا و آقايان محمدرضا كارگري و مهندس محمدعلي حبيبيان از خادمین ائمه اطهار علیهم السلام، به مناسبت ایام شهادت حضرت اباعبد الله الحسین (ع) مراسم عزاداری و برپایی شعائر اسلامی برگزار گردید که بعد از 2 سال این جمع در همان محل، ساختمان موقتی را بصورت نمادین قدس شریف بنا نمودند. همراه کتابخانه ای مجهز در کنار آن و نام موسسه فرهنگی خیریه حمزه سید الشهداء (ع) بر تارک این مکان جای گرفت، چند سال بعد به دلایلی چند این موسسه، دفتر مرکزی خود را در منطقه شمالشرق تهران (منطقه پاسداران) متمرکز نمود و با عنوان موسسه خیریه سید الشهداء (ع) (با هدف حمایت از دانشجویان و دانش آموزان نیازمند) در سال 1375 به ثبت رسید. در سال 1385 با اهدای زمینی از جانب آقاي مهندس حسين اعرابي یکی از اعضاء محترم هیئت امناء و با تلاش زنده یاد مرحوم فراهانی و آقايان محمدرضا كارگري و مهندس محمدعلي حبيبيان کلنگ ساختمان فعلی موسسه بر زمین زده شد و ساختمان جدید در تاریخ نهم بهمن 1388 با حضور هیئت امنا و جمعی از نیکوکاران افتتاح گردید.